Bất chấp danh xưng của mình, trong số tám quốc gia thành viên của Tổ chức Hiệp ước Đông Nam Á chỉ có Thái Lan và Philippines nằm tại Đông Nam Á; các thành viên còn lại của tổ chức bao gồm Anh Quốc, Hoa Kỳ, New Zealand, Pakistan (bao gồm Đông Pakistan, nay là Bangladesh), Pháp, Úc[10].

Thời điểm Tổ chức Hiệp ước Đông Nam Á được thành lập, Philippines và Hoa Kỳ có quan hệ đặc biệt mật thiết[4]；Thái Lan đang nằm dưới quyền chính phủ quân sự cũng thi hành chính sách ngoại giao thân Mỹ[14]. Ngoài ra, hai quốc gia này đều phải đối diện với tình trạng cộng sản mới bắt đầu nổi dậy trong nước. Thái Lan lưu ý đến việc Trung Quốc lập khu tự trị dân tộc Thái tại tỉnh Vân Nam (năm 1953 lập Khu tự trị dân tộc Thái và dân tộc Cảnh Pha Đức Hoành[21] và Khu tự trị dân tộc Thái Tây Song Bản Nạp[22]）[23] và chi viện cho người H'Mông tại miền bắc Thái Lan, Pathet Lào và Việt Nam Dân chủ Cộng hòa cũng ủng hộ các bộ tộc tại khu vực Đông Bắc Thái Lan khởi binh[14]. Nhà đương cục Thái Lan lo ngại Trung Quốc và miền Bắc Việt Nam[14], lo lắng tổ chức của Đảng Cộng sản Trung Quốc tại Thái Lan tiến hành hoạt động lật đổ[23]. Trước cục diện này, Thái Lan tìm kiếm viện trợ của Hoa Kỳ, do đó đó tích cực tham dự hoạt động của Tổ chức Hiệp ước Đông Nam Á[14]. Philippines hi vọng thông qua tham dự quá trình thành lập Tổ chức Hiệp ước Đông Nam Á để thiết lập hình tượng quốc gia độc lập và tăng cường an ninh quốc gia[14]. Ngoài ra, đương thời Brunei là quốc gia được Anh Quốc bảo hộ, song từ năm 1962 đến năm 1963 bùng phát bạo loạn, Anh Quốc cùng Úc và New Zealand đều phái binh đến Brunei, hiệp trợ Brunei bình định bạo loạn[24].

Các quốc gia Đông Nam Á còn lại không tham dự Tổ chức Hiệp ước Đông Nam Á khác vì nhiều nguyên nhân khác nhau: Miến Điện và Indonesia là thành viên của Phong trào không liên kết[25], nhận định rằng duy trì ổn định xã hội trong nước quan trọng hơn là đối phó với uy hiếp của cộng sản[4], do đó cự tuyệt gia nhập[26], thậm chí phản đối Tổ chức Hiệp ước Đông Nam Á[14]. Cựu thủ tướng Djuanda Kartawidjaja và cựu Phó Tổng thống Adam Malik của Indonesia từng biểu thị Indonesia sẽ không gia nhập Tổ chức Hiệp ước Đông Nam Á[27][28]. Malaya do đã ký với Anh Quốc hiệp định phòng thủ nên được Anh Quốc hiệp trợ đối phó với cuộc nổi dậy của Đảng Cộng sản Malaya và xung đột với Indonesia, do đó Malaya (sau đó là Malaysia, Singapore) không gia nhập Tổ chức Hiệp ước Đông Nam Á[14]. Tuy nhiên, Malaysia và Singapore có thể không qua Anh Quốc để biết được các động thái mới nhất của Tổ chức Hiệp ước Đông Nam Á[4]. Việt Nam Cộng hòa, Campuchia và Lào do tuân thủ quy định trong Hiệp định Genève nên không gia nhập[10], tuy vậy các quốc gia này vẫn được tổ chức đặt dưới bảo hộ quân sự của mình[10]. Tuy nhiên, năm 1956 Campuchia cự tuyệt tiếp nhận bảo hộ của Tổ chức Hiệp ước Đông Nam Á[6].

Các quốc gia khác gia nhập Tổ chức Hiệp ước Đông Nam Á vì các nguyên nhân khác nhau, đối với Úc và New Zealand, Tổ chức Hiệp ước Đông Nam Á được nhận định là tổ chức vừa ý hơn ANZUS[29], Anh Quốc và Pháp đều từng lập thuộc địa tại Đông Nam Á, cũng quan tâm đến phát triển cục thế tại Đông Dương, do đó gia nhập Tổ chức Hiệp ước Đông Nam Á[4]. Pakistan và Ấn Độ giao chiến, hy vọng có thể được các quốc gia khác ủng hộ, do đó gia nhập Tổ chức Hiệp ước Đông Nam Á[4]. Trong Chiến tranh Lạnh, Hoa Kỳ nhận định Đông Nam Á là tiền tuyến chủ chốt, cho rằng thành lập SEATO là điều cần thiết trong chính sách ngăn chặn của mình[4].

Các quốc gia thành viên của Tổ chức Hiệp ước Đông Nam Á vào giữa thập niên 1950 đều thi hành chủ nghĩa chống cộng, trong đó Anh Quốc, Úc và Hoa Kỳ đại diện cho các cường quốc phương Tây[30]:604. Tại Hoa Kỳ, Thượng nghị viện phê chuẩn việc tham gia Hiệp ước phòng thủ tập thể Đông Nam Á với 82 phiếu ủng hộ, 1 phiếu phản đối[7]. Hoa Kỳ đương thời có ý cùng liên thủ với Trung Hoa Dân Quốc tại Đài Loan, Philippines, Nhật Bản, Hàn Quốc và các quốc gia ký kết "Hiệp ước Manila", và Hiệp ước ANZUS hợp thành hệ thống phòng thủ Tây Thái Bình Dương[31].

Canada và Trung Hoa Dân Quốc vốn đã trù tính gia nhập Tổ chức Hiệp ước Đông Nam Á, song Canada muốn chuyên tâm xử lý công việc của NATO[32]:138, còn Anh Quốc, Pháp, Philippines, Pakistan phản đối Trung Hoa Dân Quốc gia nhập, cuối cùng không thể giải quyết[33]. Ngoài ra, đại biểu các quốc gia thương nghị nội dung hiệp ước, cuối cùng quy định "Hiệp ước Manila" chỉ áp dụng trong phạm vi đến 21°30' vĩ Bắc, do đó không áp dụng cho Hồng Kông, tránh gây khó khăn cho Anh Quốc[15].